O valor do ITR poderá ser reduzido, isento ou até imune à tributação.
Será reduzida a alíquota, conforme o grau de utilização, que varia de 0,03% até 20% conforme o grau de utilização do imóvel, ou seja, quanto maior a produtividade da área, menor será a alíquota.
No entanto há áreas que são isentas de pagamento do imposto territorial rural, ou seja, não tributáveis, como as Áreas de Preservação Permanente, de Reserva Legal, de Reserva Particular do Patrimônio Natural, de Declarado Interesse Ecológico, de Servidão Ambiental, Alagadas para fins de Constituição de Reservatório de Usinas Hidrelétricas e cobertas por Floresta Nativa, além de pequenos imóveis rurais localizados em assentamentos, dentre outras.
No entanto, importante observar que, para serem isentas, deverá haver a declaração dessas características dos imóveis no ITR, caso contrário, serão tributáveis.
Por fim, são imunes do ITR pequenas glebas rurais, desde que sejam exploradas e o proprietário não tenha nenhum outro imóvel; imóveis menores que 100 ha, se localizados em município compreendido na Amazônia Ocidental ou no Pantanal mato-grossense e sul-mato-grossense; 50 ha, se localizado em município compreendido no Polígono das Secas ou na Amazônia Oriental; 30 ha, se localizado em qualquer outro município;