O cadastro ambiental rural poderá ser feito tanto pelo proprietário do imóvel quanto pelo possuidor do bem. Ocorre que, por vezes, em razão de sobreposição entre imóveis vizinhos, ou ainda conflitos rurais entre proprietários e possuidores, na mesma faixa de terras são cadastrados mais de um CAR.
Nesses casos, o próprio sistema alerta para o conflito existente entre os cadastros.
O Órgão ambiental então notificará as duas partes conflitantes para que apresentem os documentos relativos a área cadastrada, para que seja jugado quem estaria com a razão.
O fato é que, quase sempre, esses conflitos se resolvem no próprio órgão ambiental, que anula aquele CAR feito em desconformidade e sobreposição.
Contudo, em alguns casos mais graves, em especial onde já existem disputas possessórias, ações de usucapião ou clara sobreposição de propriedades, o órgão ambiental suspende o julgamento até as partes busquem junto ao poder judiciário a resolução daquele conflito.